Stemwijzer.nl heeft kritiek gekregen rond een uitgelekt hiaat. Zo zou het niet controleren of de standpunten die de partijen doorgeven, stroken met wat in hun verkiezingsprogramma staat.
Volgens het Instituut voor Politiek en Publiek (IPP) zijn politieke partijen zelf verantwoordelijk voor het aanleveren van correcte informatie op de stemwijzer. Om meer kiezers te winnen, is het voor partijen wel aantrekkelijk stellingen in te nemen waar de meerderheid achter staat, ook als in het partijprogramma eigenlijk een andere stelling wordt ingenomen. Zo vindt bijvoorbeeld iemand die tegen versoepeling van het ontslagrecht is volgens de krant opeens een bondgenoot in het CDA. In werkelijkheid probeert het CDA al jaren het ontslaan van personeel gemakkelijker te maken. Volgens Eddy Habben Jansen van Stemwijzer vindt de kritiek overbodig ”De Stemwijzer laat standpunten van de partijen zien. Zij zijn daarop aanspreekbaar.” Jaarlijks verzorgt de Stemwijzer miljoenen mensen van advies voor hun stemkeuze.
